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Twist Oligo pools (寡核苷酸池)之優勢及應用

Twist Oligo pools (寡核苷酸池)之優勢及應用

Twist Oligo pools (寡核苷酸池)之優勢及應用

 

 

繼上篇 Twist Gene Fragment & Clonal Gene 之優勢及應用 介紹了Twist 基因合成的優勢及特點後

今天要來為大家介紹的是Twist 可以為您提供的省時省力大規模篩選工具Oligo pools(寡核苷酸池)!

Twist Oligo Pools是利用矽基 DNA 編寫技術所合成的高度多樣化的單鏈寡核苷酸 (single-stranded oligo nucleotides) 集合。Twist的合成平臺可以在單次運行中大規模平行合成數十萬個高品質且高度準確的寡核苷酸。Oligo Pools具有多種用途,包括 CRISPR guide RNA (sgRNA) libraries的構建、肽和蛋白質篩選,以及高通量報告基因分析 (high-throughput reporter assays)

 

Twist Oligo Pools優勢

1. 精確編輯目標位點

• 針對特定目標精確合成

行業領先的低錯誤率 1:2,000 nt

2. 最大化篩選效率

• 均一的合成,確保出色的oligo呈現

90% 以上的oligo在平均產量的2.5 倍內出現

3. 靈活的Oligo Pools大小,可以充分符合您的篩選需求

• 針對您的檢測來設計Oligo Pools

具有可擴展性,可訂購您需要的Oligo數量 (≧2)

 

▲Twist Oligo Pools在高度均一的條件下合成,90% 的序列在平均產量 2.5 倍內出現,保證了 100% 的占比(左)。行業領先的低錯誤率 (1:2,000 nt),確保高度的目標特異性(右)。

 

▲對由 Twist Bioscience(左)和競爭者基於陣列(右)合成的Oligo Pools進行擴增、Clone到載體並測序以研究Oligo Pools中各序列比例。從每個Oligo Pools生成的經過 NGS 驗證的Clone表明 Twist Bioscience Oligo Pools中的序列具有更均一的序列比例。

 

▲通過Twist Bioscience 和array-based competitor的oligo pools之測序分析表明,與競爭對手相比,Twist oligo pools包含 100% 的預期序列和更高百分比的正確序列。

 

Oligo pools應用介紹

1. 用於 CRISPR 篩選的guide RNA 文庫

CRISPR 篩選涉及基因活性的精確、高通量敲除、干擾或調節,可揭示複雜的基因型-表型相互作用。Oligo pools目的在為每個基因編碼多個guide RNA 分子

產品優勢包括:

  • 對guide library設計的完全控制,避免不必要的guide分子、浪費測序量和有限的guide-per-gene比率。
  • 高傳真 (high-fidelity) 的Cas 酶與高精度合成互相輔助,可實現真正的高傳真篩選,且將脫靶效應降至最低
  • 無與倫比的均一性、無偏差的pools可實現放大的訊噪比,以實現最大的命中性檢測,從而降低了下游成本
  • 最多 300nt 的Oligos可為其他實驗元素騰出空間。根據Oligo、基因組同源性或最少啟動子,輕鬆添加多個guides。

相關研討會: 基於單細胞轉錄組學的新一代 CRISPR 篩選

 

2. 基因組陳列式文庫 (Genome tiling libraries)

陳列式文庫可對基因組功能進行全面研究。Oligo pools可編碼肽陣列,mRNA 編碼序列或基因組片段。

產品優勢包括:

  • 精準陳列基因組的目標區域。通過在設計步驟中忽略不必要的序列來降低實驗雜訊
  • 通常無法合成為基因的複雜、重複或回文序列,可以在Oligos中編碼。
  • 較大的肽結構或基因組結構可在長度為 300nt 的Oligos中編碼。
  • 均一的合成可最大程度地減少全面篩選可能造成的過度採樣。

相關文章: 使用 Twist Bioscience 寡核苷酸池鑒定用於 RNA 疫苗開發的冠狀病毒致病因數

 

3. 高通量遺傳控制篩選(High throughput genetic control screens)

了解控制基因表達和調控的遺傳因子已廣泛應用於合成生物學和潛在疾病療法的開發中。Oligo pools為基因控制的高通量篩選提供了動力,包括基因表達譜分析和基於報告基因的應用。

產品優勢包括:

  • 高品質的pools確保您可以研究每個鹼基的功能
  • 高度均一性意味著您無需篩選過多就能找到答案
  • 高達 300nt 的pools使您可以靈活地添加多個元素或同源區域

相關研討會:  TechNetworks 上進行表觀轉錄組篩選

 

4. 螢光原位雜交

螢光原位雜交(FISH)可以直接觀察到生物樣本中核酸的表達和空間組織情況。Oligo pools可以編碼與螢光標記結合的探針,從而對大量目標進行可調、可編程的視覺化 (programmable visualization)。

產品優勢包括:

  • 快速的 FISH 探針開發
  • 序列控制可實現有效的目標定位
  • 更長的Oligos可實現更具體的目標定位

相關研討會: 使用帶有 Nicola Crosetto 的寡核苷酸池快速高效地生產 FISH 探針

 

Oligo Pools Design. Build. Test.

 

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