技術分享

Twist Variant Libraries (基因突變文庫) 之優勢&應用

Twist Variant Libraries (基因突變文庫) 之優勢&應用

Twist Variant Libraries(基因突變文庫)之優勢&應用

 

Variant Libraries DM介紹  

 

不同應用領域,始於同一起點 - 基因突變體文庫 (Variant Libraries)

Twist Bioscience 專有的寡核苷酸合成技術是一種獨特的創建文庫的方法。矽合成平臺生成優質的寡核苷酸池,用於在單個晶片上建立使用者確定的、完全定制的基因突變文庫。

Twist Bioscience 無與倫比的平臺還可以創建數千到數十億個特定變體。Twist在分子生物學領域的多年造詣和潛心建樹,確保您能發現更多需要的結果,所有文庫都會進行免費的 NGS 測序驗證,確保提供給您優質、有效,以及生成所需的所有變體。您大可放心,您所設計的就是您將得到的。

 

Variant Libraries應用

1. Protein engineering (蛋白工程)

2. Target Selection and Antibody Optimization (標靶選擇&抗體優化)

3. Synthetic Biology (合成生物學)

4. Enzyme optimization (酵素優化)

5. Epitope mapping (表位定位)

6. Enhancing expression and metabolic pathways (增強表達和代謝途徑)

 

Variant Libraries種類

1. Site Saturation Variant Libraries (SSVL, 定點飽和突變文庫)

2. SOLD (Spread-Out Low Diversity) Libraries (SOLD, 精準多樣性散點突變基因文庫)

3. Combinatorial Variant Libraries (CVL, 組合突變體文庫)

 

Site Saturation Variant Libraries (SSVL,定點飽和突變文庫)

Twist 的定點飽和突變體文庫可讓您研究序列與蛋白質結構和功能之間的關係。這些文庫能生成 99% 的所需突變,並且提供Pool (All in one tube) 或Array (96 well plate) 兩種型式。它們能夠在每個位置篩選 1–20 種不同胺基酸(和最多 64 個密碼子),並對序列各突變體進行全面研究。

  Error-prone PCR NNK/NNS Twist 定點飽和突變體文庫
消除序列偏差
能用的密碼子數量 未知 32 全部64
避免多餘的motifs
可進行密碼子優化
避免終止密碼子出現

▲與傳統方法(如:Error-prone PCR和 NNK 法)不同,SSVL可消除序列偏差和不需要的取代。TRIM 的重複產率很低,導致典型文庫中全長產物 < 50%,而 Twist 文庫能產生更多可用變異,增加了有效文庫大小。

 

▲定點飽和突變體文庫(SSVL)能夠在篩選分析中高效地採集蛋白質序列樣本。上圖是一個在 65 個位點都有突變體(每個位點 19 個突變體)的 Twist 定點飽和突變體文庫數據。各條形代表不同的胺基酸位置,每種顏色表示觀察到的突變體頻率。所有突變體所佔的比例都符合預期。

 

SSVL特點:

1. Precisely Crafted Variant Libraries (精確構建基因突變文庫)

.全面控制密碼子使用頻率(全部 64 個密碼子均可用)

.各位點突變表達具有高度均一性

.無多餘密碼子或提前出現的終止密碼子

2. Verified Quality (品質經過驗證)

.嚴格的品質控制

.通過 NGS 驗證變異表達的一致性

.品質均一化後表達每個位點

3. Flexibility (靈活性)

.96 孔板中每孔一個位置或單個試管中彙集的所有位置

.在每個位置篩選 1 到 20 種不同的胺基酸

 

SOLD (Spread-Out Low Diversity) Libraries (SOLD,精準多樣性散點突變基因文庫)

Twist 的 SOLD 文庫是一款經濟、省時的蛋白質序列比對工具使您能夠探索蛋白質序列與其功能之間的複雜關係。它可以使散佈在原始序列(Wild type)中的多個位置同時發生突變,且對這一序列進行定向探索,以生成多樣化的蛋白質庫。 這些高保真文庫可快捷、經濟地替代 NNK、三聯核苷酸誘變 (TRIM) 技術、Error-prone PCR、隨機誘變和 DNA 改組等技術。與組合突變體文庫 (CVL) 不同的是,SOLD 文庫可在原始序列(Wild type)各處精準地納入多樣性突變,而沒有突變體結構域限制。此外,SOLD 文庫還可讓您同時探索多種突變,而定點飽和突變體文庫 (SSVL) 則不然。

 

SOLD特點:

1. Flexibility (靈活性)

.靈活性比傳統方法更高

.適用於多樣性分散的位點

.無需模板(template)

2. Precision (精準度)

.無提前出現的終止密碼子或多餘密碼子

.胺基酸和密碼子控制精確

.比 NNK、TRIM 和 epPCR 等傳統方法更精確

3. Superior Quality (高品質)

.SOLD 文庫包括修飾區域的 NGS 驗證

.嚴格的品質控制,所有變體均經過驗證

.各變異位點胺基酸分佈均勻

 

Combinatorial Variant Libraries (組合突變體文庫)

組合突變體文庫目的在推動並發現能夠表達出具有更高穩定性、更高結合力和更高酵素活性的分子。無論是抗體人源化文庫,還是複雜性受控的發現文庫,我們的基因突變體ORF都可以順利整合到單個或多個序列中,生成 >10 10 的突變體。

  NNK/NNS TRIM/TRIMER 控制 Twist 定點飽和突變體文庫
消除序列偏差
能用的密碼子數量 未知 32 全部64
避免多餘的motifs
可進行密碼子優化
避免終止密碼子出現

 

CVL特點:

1. High Diversity Precision (高多樣性和精)

輕鬆地將多個變異結構域整合到一個或多個支架中

精確控制密碼子使用頻率(全部 64 個密碼子)、胺基酸分佈和長度變異

2. Verified Quality (品質經過驗證)

嚴格的品質控制,包括使用 NGS 對改造區域的驗證

記錄序列變異率

用戶定義的變異分佈均勻

無提前出現的終止密碼子或多餘密碼子

3. Flexibility (靈活性)

設計所有序列、單個或多個結構域以及組合單點變異、雙重變異或三重變異

模組化合成系統使得可以對未來文庫進行反覆運算

TRIM NNK方法更靈活

 

高度多樣化的文庫

使用消除了序列偏差和多餘基序 (motif) 的更廣泛且高度多樣化的文庫,優化您的抗體和蛋白質篩選實驗。開展您需要的研究, 無需浪費時間反復進行多輪篩選,可利用這些時間來研究更多序列,找出您所關注領域內的更多候選分子。另外,您可以放心,這些文庫不會提前終止轉譯,因為 Twist 文庫不含非預期的終止密碼子。

 

 

相關產品文章:

1. Twist Gene Fragments & Clonal Genes 之優勢及應用

2. Twist Oligo pools (寡核苷酸池)之優勢及應用

 

若有興趣,請加入倍思特官方Line@ ID: @abreal 或聯絡specialist@abrealbiotech.com,我們將盡快為您服務!