【Proteintech】分不清磷酸化位點怎麼辦？這些命名要點幫你輕鬆通關！
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分不清磷酸化位點怎麼辦？這些命名要點幫你輕鬆通關！
大家在選擇目標蛋白磷酸化抗體時，是否會遇到發現同個目標蛋白有多個磷酸化位點因而找不到對應的抗體之情形呢？
下面小編將以一個案例與大家分享如何判別這些蛋白的磷酸化位點及如何選擇與其對應的磷酸化抗體的小知識！
案例分享：
最近有位客戶想找個ULK1的磷酸化抗體，然而搜尋文獻時發現ULK1修飾位點都不一樣？有的寫的是Ser555，Ser757，有的又寫的是Ser556，Ser758。而序列上並沒有兩個相鄰的絲胺酸位點，這讓客戶十分困惑，到底是哪個位點的修飾呢？
圖1：ULK1的絲胺酸修飾位點[1-3]
我們所說的X位點的磷酸化，一般都是透過其位點在序列的相對順序來命名。像我們熟知的AKT的Thr308和Ser473修飾位點，就是以胺基酸在其序列的順序來命名的。
但是，還有一些並不是直接依照胺基酸序列來的，主要有下面3種：
1.去掉甲硫胺酸的命名
根據蛋白特性，蛋白在轉譯後修飾行使其功能時，會將其第一個胺基酸甲硫胺酸去除。例如組蛋白類的磷酸化修飾，去除甲硫胺酸的命名，命名就會錯位一個。
範例：Histone H3 磷酸化Ser10（貨號：66863-1-Ig）在序列上其實是第11個胺基酸。去除甲硫胺酸以後就變為第10個胺基酸。
圖2：去除甲硫胺酸的命名
2.去掉信號肽的命名
一些定位在不同細胞器的蛋白或膜蛋白會由信號肽引導其運輸。這些蛋白磷酸化命名則會去除這一段訊號胜肽。
表皮生長因子受體（EGFR） 是受體酪胺酸激酶（RTK） 之一。它定位於細胞膜，結合EGF 家族的配體並活化多個信號級聯，將細胞外訊號轉化為適當的細胞反應。其N端存在1-24 aa的信號肽。去掉或不去掉信號肽磷酸化位點命名如下圖3。
圖3：去掉信號肽的命名
胰島素受體（insulin receptor，INSR）存在兩個isoform。以不同isoform命名的磷酸化位點又不一樣了，加上其還有1-27 aa的訊號勝肽，導致同一個位點有4個不同的命名。從文獻通報和各公司產品來看，INSR常用的是去信號肽命名方式，兩個isoform的命名都會遇到。但其本質上修飾位點前後序列都是一致的。
圖4：INSR去掉信號肽的命名和全長的命名
3.不同物種命名
同一蛋白不同物種在同一位點的修飾，因其胺基酸長度及序列不完全一致，最後的位點也會有一些差異。同一蛋白在人類和小鼠中，胺基酸長度一般會相差零到數十個胺基酸。
例如IRS1，按人的胺基酸序列和按鼠的胺基酸序列同一修飾位點，命名卻不一樣。人類Ser307和小鼠Ser302對應的是同一個位點，以及後面的Ser312等依此類推。值得注意的是，如果研究的是人類Ser307位點的修飾，而購買了以小鼠為免疫原Ser307的磷酸化抗體，則和所要研究的位點不一致，研究結果也不可預期了。在此蛋白中也要注意的是，同樣是612位點，在人類和小鼠的胺基酸序列卻不一樣。
圖5：不同種屬命名區別
通過以上的介紹，對於ULK1的磷酸化抗體大家知道如何選購了嗎？
首先由於文獻使用的抗體免疫原用的不同物種，像是人類ULK1 Ser556等同於小鼠Ser555；人類ULK1 Ser758等同於小鼠Ser757。
因此在選購抗體的時候，一定要注意抗體免疫原序列是來自人類的還是小鼠的，有沒有去掉甲硫氨酸或信號肽命名，位點是否和自己要研究的一致，這些資訊都可以參考Uniprot（註：Uniprot對修飾位點的描述是依完整序列，即包含甲硫胺酸、信號肽）。
當然，磷酸化位點命名也不只有這幾種，還有一些特殊的命名。例如RNA聚合酶II中的POLR2A蛋白存在七肽重複序列，磷酸化修飾命名則以七肽的相對位置，命名為Ser2，Ser5和Ser7。
大家在研究中還遇到什麼有趣的位點命名方式呢？
有相關問題需要諮詢我們也十分歡迎喔！
另外為了方便大家比對查詢，小編特地準備了Proteintech對不同胺基酸位點、不同蛋白質的磷酸化抗體的命名規則，然而如果對蛋白的修飾和抗體的命名還是有疑問，也可以諮詢我們喔！
以及為了方便大家查找，小編也準備了一些常用的相關抗體產品推薦列表，希望可以幫助大家更輕鬆找到標靶！
| 目標名稱 | 貨號 | 抗體類型 | 應用 | 物種 | SCI引用 |
| Phospho-AKT(Ser473) | 66444-1-1g | Monoclonal | WB, IHC, IF, FC, ELISA | human, mouse, rat, chicken, rabbit, zebrafish, pig, canine | 852 |
| 28731-1-AP | Polyclonal | WB, IHC, IF, ELISA | human, mouse, rat | 81 | |
| 80455-1-RR | Recombinant | WB, IHC, IF, FC, ELISA | human, mouse, rat | 46 | |
| Phospho-AKT(Thr308) | 29163-1-AP | Polyclonal | WB, IHC, ELISA | human, mouse, rat | 10 |
| Phospho-AKT1(Ser473) | 80462-1-RR | Recombinant | WB, FC, ELISA | human, mouse | 1 |
|
Phospho-EGFR(Tyr1069) / EGFR (Tyr1045) is the site where the signal peptide is removed |
30277-1-AP | Polyclonal | WB, ELISA | human | |
|
Phospho-EGFR(Tyr1092) / EGFR (Tyr1068) is the site where the signal peptide is removed |
30278-1-AP | Polyclonal | WB, ELISA | human | |
| Phospho-ElF2S1 (Ser51) | 28740-1-AP | Polyclonal | WB, IHC, ELISA | human, mouse, rat, pig | 18 |
| 68023-1-Ig | Monoclonal | WB, FC, ELISA | human, mouse, rat | 1 | |
| Phospho-ERK1/2 (Thr202/Tyr204) | 28733-1-AP | Polyclonal | WB, IP, IHC, IF, ELISA | human, mouse, rat, chicken, sheep, pig | 253 |
| 80031-1-RR | Recombinant | WB, ELISA | human, mouse, rat | 19 | |
| Phospho-GSK3B (Ser389) | 14850-1-AP | Polyclonal | WB, ELISA | human, mouse, rat | 36 |
| Phospho-GSK3B (Ser9) | 67558-1-Ig | Monoclonal | WB, IHC, IF, ELISA | human, mouse, rat | 50 |
| Phospho-GSK3B (Tyr216) | 29125-1-AP | Polyclonal | WB, ELISA | human, mouse, rat | 5 |
| Phospho-Histone H3 (Ser10) | 66863-1-Ig | Monoclonal | WB, IHC, IF, FC, ELISA | human, mouse, rat, chicken, pig | 13 |
| Phospho-JNK (Tyr185) | 80024-1-RR | Recombinant | WB, IHC, IF, ELISA | human, mouse, rat, pig | 131 |
| Phospho-mTOR (Ser2448) | 67778-1-Ig | Monoclonal | WB, IHC, IF, Cell treatment, ELISA | human, mouse, rat, pig, chicken, bovine | 165 |
| 80596-1-RR | Recombinant | WB, ELISA | human, mouse, rat | 14 | |
| 28881-1-AP | Polyclonal | WB, ELISA | human | ||
| Phospho-mTOR (Ser2481) | 28879-1-AP | Polyclonal | WB, ELISA | mouse | 2 |
| Phospho-NF-KB p65 (Ser468) | 82335-1-RR | Recombinant | WB, ELISA | human, mouse, pig, rat | 18 |
| Phospho-p38 MAPK (Thr180/Tyr182) | 28796-1-AP | Polyclonal | WB, IHC, IF, ELISA | human, mouse, pig, rat | 102 |
| Phospho-p70 (S6K)(Thr229) | 81592-1-RR | Recombinant | WB, ELISA | human | |
| 28988-1-AP | Polyclonal | WB, IF, ELISA | human | ||
| Phospho-p70 (S6K)(Thr389) | 28735-1-AP | Polyclonal | WB, ELISA | human | 14 |
| 82373-1-RR | Recombinant | WB, ELISA | human | ||
| Phospho-p70 (S6K)(Thr421/Ser424) | 29248-1-AP | Polyclonal | WB, ELISA | human | 5 |
| Phospho-PERK/EIF2AK3 (Ser719) | 29546-1-AP | Polyclonal | WB, ELISA | human, rat | 6 |
|
Phospho-PERK/EIF2AK3 (Thr982) is equivalent to Thr980 in mice |
82534-1-RR | Recombinant | WB, ELISA | human | |
| Phospho-TDP43 (Ser403/404) | 66079-1-Ig | Monoclonal | WB, IHC, IF, FC, ELISA | human, mouse, zebrafish | 7 |
| Phospho-TDP43 (Ser409/410) | 22309-1-AP | Polyclonal | WB, IP IHC, IF, ELISA | human, mouse, rat, monkey | 84 |
| 66318-1-Ig | Monoclonal | WB, IHC, IF, ELISA | human, mouse, rat, canine | 13 | |
| 80007-1-RR | Recombinant | WB, IHC, IF, FC, ELISA | human, mouse | 5 | |
| Phospho-ULK1 (Ser467) | 30005-1-AP | Polyclonal | WB, ELISA | human, mouse | |
|
Phospho-ULK1 (Ser556) is equivalent to Ser555 in mice |
80218-1-RR | Recombinant | WB, IHC, FC, ELISA | human, mouse, rat, goat | 12 |
| Phospho-ULK1 (Thr468) | 29006-1-AP | Polyclonal | WB, ELISA | human, rat | 1 |
【參考文獻】
[1] Li Z, Gao F, Lan Y, et al. Porcine Hemagglutinating Encephalomyelitis Virus Triggers Neural Autophagy Independently of ULK1. J Virol. 2021 Sep 9;95(19):e0085121. doi: 10.1128/J.1125-2011120. Epub 2021 Jul 21. PMID: 34287052; PMCID: PMC8428410.
[2] Qin ZL, Yao QF, Zhao P, et al. Zika virus infection triggers lipophagy by stimulating the AMPK-ULK1 signaling in human hepatoma cells. Front Cell Infect Microbiol. 2022 Nov 2;12:95902938:002938:002; .2022.959029. PMID: 36405969; PMCID: PMC9667116.
[3] Shang L, Chen S, Du F, et al. Nutrient starvation elicits an acute autophagic response mediated by Ulk1 dephosphorylation and its subsequent dissociation from AMPK. Proc Natl Acad Sci US A. 2011 Mar 22018(1282); -93. doi: 10.1073/pnas.1100844108. Epub 2011 Mar 7. PMID: 21383122; PMCID: PMC3064373.
資料來源：Proteintech
