免疫沉澱實驗(IP) Agarose beads vs. Magnetic beads 我該如何選擇？

免疫沉澱實驗(IP) Agarose beads vs. Magnetic beads

我該如何選擇？

前一篇文章 (常常對實驗高背景感到無奈嗎？教你如何獲得低背景免疫沉澱) 幫大家解決了免疫沉澱 (Immunoprecipitation, 以下簡稱IP)實驗高背景的問題，今天就要幫大家破解IP Beads的選擇障礙。

ChromoTek 的 Nano-Traps 系列產品，針對蛋白質及其相互作用因子於IP實驗的效果進行了提升。 Nano-Traps 主要由與beads結合的奈米抗體 /VHH所組成。Nano-Traps根據不同的需求也有不同的種類供選擇，例如：GFP-Trap®、RFP-Trap® 和 Spot-Trap®，此外，我們也提供了不同類型的beads讓大家做選擇：

Agarose beads
Magnetic Agarose beads
Magnetic Particles M-270

▲Immunoprecipitation with GFP-Trap
I: Input, FT: Flow-Through, B: Bound

根據beads的不同特性 (見下表)，我們建議

Agarose beads：不易產生非特異性結合，適用於需要極低背景和高結合能力的 IP 。
Magnetic Agarose beads：在分離上較Agarose beads來得方便，可利用磁力分離並使用在需要高結合能力的 IP 。
Magnetic Particles M-270：適用於偵測非常大的蛋白質或複合物的 IP。

	Agarose	Magnetic Agarose	Magnetic Particles M-270
Low background*	+++	++	++
Binding capacity	+++	+++	+
Size of tagged protein*	Small to large	Small to large	Small to very large
Bead separation	centrifugation	magnetic	magnetic

＊請注意，這些是一般準則。 對於特定的蛋白質或複合物，必須測試最佳實驗條件

總體而言，由於 Nano-Traps 的高度特異性結合，所有beads都具有非常低的背景結合。但相較之下，Agarose beads的背景值為其中最低。而Magnetic Agarose beads 和Magnetic Particles M-270的背景則略高。因此，如果需要非常低的背景，建議使用Agarose。

對於自動化免疫沉澱或較偏向於利用磁性處理時，應使用Magnetic Agarose 或 Magnetic Particles M-270。但是，如果需要更高的結合能力，建議使用Magnetic Agarose。

當您感興趣的蛋白質 (POI) 較大時，可能需要使用無孔的Magnetic Particles M-270，因為較大的蛋白質或蛋白質複合物無法進入agarose beads 和 magnetic agarose beads的孔內與奈米抗體/VHH結合。另外，需要特別注意的地方是，原先較小的蛋白質可能會形成多聚體或可能為複合物的一部分，因此具有比預期更大的尺寸。

	Agarose	Magnetic Agarose	Magnetic Particles M-270
Matrix	Agarose (4% cross-linked)	Magnetic agarose (6% cross linked)	Magnetic Particles M-270
Bead form	Porous	Porous; sold iron core	Solid
Ligand	Nanobody/ V_HH	Nanobody/ V_HH	Nanobody/ V_HH
Protein size*	Small to large size	Small to large size	Small to very large size; all sizes
Color	White	Black	Brown
Medium particle size	~90 µm	~40 µm	2.8 µm
Binding capacity	Very high	Very high	Medium
Background	Very low	Low	Low
Magnetic separation & automation	no	Yes	Yes
May be centrifuged up to	2,500 x g	800 x g	8,000 x g