Gene Fragments
Twist 利用基於矽的高精確度 DNA 合成平台帶來了更高質量的基因，並顯著提高了通量以及可擴展性 (High throughput and scalability) 。
Twist 使您能夠更靈活地以您想要的方式獲得所需的 DNA。讓您能想得更遠，擴大您的實驗設計範圍，並加速研究的發現。
是線性合成的 DNA 序列，後續可用於Cloning或更大的基因片段組裝(larger gene assembly)。
Gene Fragments特點
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聯絡資訊
E-mail : specialist@abrealbiotech.com
Line ID : @abreal
優化說明
利用外源宿主表達重組蛋白質是現今常用的生物技術，然而表達蛋白質之DNA序列中可能因為包含外源宿主不常使用的密碼子，而導致重組蛋白質表現量不足。因此，序列優化即是依照外源宿主常用的密碼子，更換重組DNA序列，使其可以在外源宿主中表達重組蛋白，以提高產量。
推薦參數
Overall GC content between 65%-25%
Local 50bp windows of no more than 75%and no less than 15%
Direct repeats between 12-16bps
Minimize hairpin-forming inverted repeat length
可優化物種
| Plant (植物) | Fungus (真菌) | Bacteria (細菌) | Animal (動物) | 其他 |
| Arabidopsis thaliana | Aspergillus niger | Bacillus subtilis | Caenorhabditis elegans | Toxoplasma gondii |
| Brassica napus | Aspergillus oryzae | Escherichia coli | Cricetulus griseus | |
| Glycine max | Hypocrea jecorina | Streptomyces coelicolor A3(2) | Homo sapiens | |
| Medicago sativa | Pichia pastoris | Mus musculus | ||
| Nicotiana tabacum | Saccharomyces cerevisiae | Rattus norvegicus | ||
| Petunia x hybrida | Yarrowia lipolytica | Sus scrofa | ||
| Pisum sativum | Xenopus laevis | |||
| Solanum tuberosum | Drosophila melanogaster | |||
| Zea mays | Spodoptera frugiperda |
常見問題
Q1：可以使用哪些方法來克隆 adapter-on 的基因片段(Gene Fragments)？
A1：您可以藉助以下方法，克隆帶有 adapter 的基因片段(Gene Fragments)：
Restriction digestion/Ligation —— 將限制酶切位置於 Twist adapter 內，以便克隆。
Type IIS or Golden Gate —— 將限制酶切位置於 Twist adapter 內部，以便於進行 TOPO 克隆（blunt-end），adapter 序列也將被克隆進去。
Gateway cloning —— 在您的序列兩端添加 attB 位點。
欲了解更多資訊，請點擊此處。
Q2：是否會將 adapter 序列附加在我的序列兩端？
A2：對於 Adapter-on 的基因片段，我們會將通用 adapter 合成至每個片段的兩端。adapter 長度為 21-22 個核苷酸。具有這些 adapter 的片段與多種組裝方法兼容，即 Restriction digestion/Ligation、Gateway、Golden Gate 和 TOPO cloning。
通過在 adapter 內部添加限制酶切位可移除 adapter。 TOPO 克隆將發揮作用，但 adapter 會保持打開狀態。
Adapter Sequences
2021 年 8 月 9 日之前收到的訂單，adapter序列如下：
5' Adapter ：GAAGTGCCATTCCGCCTGACCT
3' Adapter ：AGGCTAGGTGGAGGCTCAGTG
5' - GAAGTGCCATTCCGCCTGACCT – 插入片段 – AGGCTAGGTGGAGGCTCAGTG - 3'
2021 年 8 月 9 日至2021 年 11 月 1 日收到的訂單，adapter 序列如下：
5' Adapter ：CCCCGTCACCTTTGGCTTATCAGT
3' Adapter ：AGTGACATCTGGACGCTAAGACCG
5' - CCCCGTCACCTTTGGCTTATCAGT – 插入片段 – AGTGACATCTGGACGCTAAGACCG - 3'
2021 年 11 月 2 日及之後收到的訂單，adapter 序列如下：
5' Adapter ：CAATCCGCCCTCACTACAACCG
3' Adapter ：CTACTCTGGCGTCGATGAGGGA
5' - CAATCCGCCCTCACTACAACCG – 插入片段 – CTACTCTGGCGTCGATGAGGGA - 3’
*Adapter 是添加到插入片段兩端的短序列，該添加步驟是我們合成過程的一部分。也可以選擇不含這些 adapter 的基因片段 ，亦即 Adapter-off。
Q3：基因片段是否經過純化?
A3：是，基因片段經過磁珠清潔；然而，可能殘留少量的短片段。
Q4：基因片段的有效期限是多久？
A4：
Twist Bioscience 合成的DNA 產品經乾燥處理，或重懸(resuspended) 於2 mL 微量離心管、96 孔盤或384 孔盤中運輸。乾燥的DNA 在室溫下運輸，而重懸的DNA 則在冷凍狀態下運輸。
雙股DNA 和單股寡核苷酸在大多數標準實驗室儲存條件下呈穩定狀態。但是，為了保持Twist Bioscience 合成DNA 的高品質，遵循以下最佳作業流程(best practices)十分重要。
- Twist 建議根據儲存條件，遵循以下乾燥的DNA保存期限。
- 室溫時，可儲存3 個月。
- 4°C 時，可儲存12 個月。
- -20°C 時，可儲存24 個月。
- -80°C 時，可長期儲存。
- 重懸指南
- 重懸時，在打開試管或孔盤之前進行短暫離心，並在pH 8.0 的無核酸酶Tris-EDTA (TE) 緩衝液或pH 8.0 的10 mM Tris-HCl 中重懸至所需濃度。
- 建議使用濃度至少為10 ng/μL 的stock dilution，但最佳濃度需要根據您所需的應用來進行調整。
- 製備分裝的 stock dilution 以及工作溶液，以降低污染的發生機率並減少凍融的次數。製備完成後應盡快使用工作溶液，並盡量減少暴露在高溫下。
- 重懸的DNA
- 重懸適用於某些產品。您的DNA 產品在運輸時可能會採用下列緩衝液之一。我們建議在打開之前，對試管或孔盤進行簡單的離心。
- Elution buffer（2 mM Tris-Cl，pH 8.5）
- TE Buffer（10 mM Tris-Cl pH 8.0，1 mM EDTA）
- TE Buffer low EDTA（10 mM Tris-Cl pH 8.0，0.1 mM EDTA）
- Water
- 我們不建議在水中長期儲存。
- 根據儲存條件的不同，Twist 建議重懸後DNA 的保存期限如下。
- 室溫時，可儲存3 個月。
- 4°C 時，可儲存12 個月。
- -20°C 時，可儲存24 個月。
- -80°C 時，可長期儲存。
- 重懸適用於某些產品。您的DNA 產品在運輸時可能會採用下列緩衝液之一。我們建議在打開之前，對試管或孔盤進行簡單的離心。
Q5：如何重懸我的基因？
A5：Twist 的DNA 產品經乾燥後，裝入96/384 孔盤或2 mL 微量離心管中。儘管雙股DNA 在大多數標準儲存條件下都呈穩定狀態，但我們建議您採用以下方法來保持DNA 的高品質：
- 收到產品後，將試管或孔盤短暫進行離心，並將DNA 在pH 8.0 的無核酸酶Tris-EDTA (TE) buffer 或pH 8.0 的10 mM Tris-HCl 中重懸至所需濃度。
- 我們不建議在水中重懸。
- 建議 stock solution 的濃度至少為10 ng/uL，但最佳濃度需要根據您所需的應用來進行調整。
- 製備原液和工作溶液並將兩者分裝，以防止發生污染並減少凍融的次數。
- 若要長期儲存，將DNA 置於-20°C 溫度下冰凍長達一年，或在-80°C 溫度下冰凍更長時間。
可以點擊此處查看重懸指南。
密碼子優化
Q1：Twist 的密碼子優化目前支持哪些生物體？
A1：以下是我們網站上支持密碼子優化的生物體列表：
- Arabidopsis thaliana
- Aspergillus niger
- Aspergillus oryzae
- Bacillus subtilis
- Brassica napus
- Caenorhabditis elegans
- Cricetulus griseus (CHO)
- Drosophila melanogaster
- Escherichia coli
- Glycine max
- Homo sapiens
- Hypocrea jecorina
- Medicago sativa
- Mus musculus
- Nicotiana tabacum
- Petunia x hybrida
- Pichia pastoris
- Pisum sativum
- Rattus norvegicus
- Saccharomyces cerevisiae
- Solanum tuberosum
- Spodoptera frugiperda
- Streptomyces coelicolor A3(2)
- Sus scrofa
- Toxoplasma gondii
- Xenopus laevis
- Yarrowia lipolytica
- Zea mays
如果您沒有看到您要找的特定生物體，請聯繫 specialist@abrealbiotech.com ，我們將竭誠為您服務。
Q2：如果我的基因被評為“不可能”，是否仍然可以進行合成？
A2：目前，我們無法合成評分為“不可能”的基因。導致我們的算法將基因評為“不可能”的因素有多種，而每個基因序列的具體參數是唯一的。我們的算法為專有算法，是利用機器學習開發的。除機器學習外，我們的算法還考慮了以下因素：
- GC 百分比在25%-65% 之間
- 最大同元聚合物(homopolymer) 長度<10
- 低同源性
以上因素的任意獨特組合會導致特定基因序列被評為“不可能”。
Q3：對於密碼子優化，可以採取哪些步驟來保持野生型(wild-type)蛋白質表達水平？
A3：
為了保持野生型蛋白質表達：
- 我們會避免使用稀有密碼子（密碼子頻率低於8%）。
- 我們會確保所得序列的前48 個鹼基對中的序列沒有牢固的髮夾結構(ΔG < -8)。
- 我們會對雙股都進行檢查，確保它們沒有包含您要求避免的酵素切位點。
- 我們會通過避免產生強sigma70 結合位點來防止將啟動子序列引入表達序列的內部。
- 我們會避免那些產生強核醣體結合位點(RBS) 的序列（GGAGG 和TAAGGAG）。
- 我們會避免那些產生終止子序列(terminator sequences) 的序列（TTTTT 或AAAAA）。
為了提高合成的成功率：
- 我們不會引入任何超過20 bp 的重複序列。
- 我們避免存在10 個或更多鹼基的同元聚合物。
- 我們避免那些產生小於25％ 或大於65％ 的整體GC％ 和小於35％ 或大於65％ 的局部GC windows (50 bp) 的擬合序列(fitted sequences)。
請注意，密碼子優化有助於提高成功合成的概率，而非蛋白質表達。
序列設計
Q1：是否有任何我需要遵循的基因序列限制/設計指南？
A1：重複結構和極端GC 含量是合成問題的主要影響因素。下列規則可指導您進行設計。但是，請注意，您可以通過限制重複序列和均衡GC 含量來提高成功的機率。
例如，如果您有一個總GC 含量為66% 的基因，您必須把它降低到至少65% 才能合成它，但如果進一步將其降低到60% 甚至以下，則該基因的合成成功率會更高。這同樣適用於消除重複序列、減少同元聚合物延伸以及消除GC windows 中的極端基因突變。您越能避免或減少基因中存在這種結構，就越有可能成功合成基因。
規則
- 避免重複序列≥ 20 bp 或Tm ≥ 60 ℃的情況，且整體GC 含量必須保持在25% 到65% 之間
- 避免基因內部GC 含量差異過大（即最高和最低50 bp 延伸片段之間的GC 含量差異應不大於52%）
- 盡量減少同元聚合物以及減少分散在整個序列中的小片段重複序列的數量/長度
- 對於HIS tag，需將CAC 和CAT 密碼子結合使用，即CACCAT
Q2：基因評分結果有什麼含義？
A2：在我們的網站上提交您的基因序列後，將自動對基因序列進行組裝可行性評分：
Standard：未發現錯誤。基因序列的總體複雜程度（如：長度、GC 含量、同源性等）為“standard”。
Complex：未發現錯誤。有一些序列複雜性（如：長度、GC 含量、同源性等）存在，但我們預計在合成您的基因時不會出現任何問題。在極少數情況下，序列可能會有周轉時間(turnaround time) 增加或製造失敗的風險。
Error：基因序列存在錯誤。請點擊序列，以獲取有關如何解決錯誤的更多詳情。
Not Accepted：該序列包含使我們無法合成的元素。請參閱錯誤消息提供的詳細解釋，或參考“設計指南”。
關於評分系統
我們的評分系統利用機器學習模型分析並結合多個序列參數（即總GC 百分比、最大同元聚合物長度、最大重複長度、序列長度、重複密度等）。該模型是使用我們的歷史製造數據進行訓練，它可以更精確地估計基因和抗體產品的生產成功率。
關於ISSUE 消息
Warnings：經機器學習模型預測，與失敗的風險相關。警告次數越多，越有可能導致評分為“Not Accepted”。
Errors：與基因複雜性無關，可以通過糾正基因設計來進行修復。
Q3：如何將胺基酸序列轉化為核酸序列？
A3：我們的網站接受胺基酸序列，並可將其轉化為DNA 序列之後進行合成。請在“上傳序列”頁面中選擇“胺基酸序列”選項。
請確保您輸入的僅包含胺基酸單字母字符。我們僅支持標準的20 個單字母代碼字符。
胺基酸序列末尾的“ * ”表示終止密碼子（我們不會自動添加終止密碼子）
我們將根據您選擇的密碼子使用頻率表，選擇最常用的密碼子。
如果您沒有看到您要找的特定生物體，請聯繫 specialist@abrealbiotech.com ，我們將竭誠為您服務。
Q4：Twist 目前提供哪些長度的合成DNA？
A4：客戶可以選擇訂購寡核苷酸池(Oligo Pools)、基因片段(Gene Fragments) 和克隆基因(Clonal Genes)。
寡核苷酸池(Oligo Pools) 中的寡核苷酸（線性單股 DNA）的合成長度範圍在 20 bp 到 300 bp。
基因片段(Gene Fragments) 是線性雙股 DNA，長度範圍在 300 bp 到 1,800 bp 之間。
克隆基因(Clonal Genes) 為雙股DNA，已經被克隆到Twist 的載體或客戶提供的載體中。克隆基因大小在300 bp 至 5,000 bp 之間。
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優化說明
利用外源宿主表達重組蛋白質是現今常用的生物技術，然而表達蛋白質之DNA序列中可能因為包含外源宿主不常使用的密碼子，而導致重組蛋白質表現量不足。因此，序列優化即是依照外源宿主常用的密碼子，更換重組DNA序列，使其可以在外源宿主中表達重組蛋白，以提高產量。
推薦參數
Overall GC content between 65%-25%
Local 50bp windows of no more than 75%and no less than 15%
Direct repeats between 12-16bps
Minimize hairpin-forming inverted repeat length
可優化物種
| Plant (植物) | Fungus (真菌) | Bacteria (細菌) | Animal (動物) | 其他 |
| Arabidopsis thaliana | Aspergillus niger | Bacillus subtilis | Caenorhabditis elegans | Toxoplasma gondii |
| Brassica napus | Aspergillus oryzae | Escherichia coli | Cricetulus griseus | |
| Glycine max | Hypocrea jecorina | Streptomyces coelicolor A3(2) | Homo sapiens | |
| Medicago sativa | Pichia pastoris | Mus musculus | ||
| Nicotiana tabacum | Saccharomyces cerevisiae | Rattus norvegicus | ||
| Petunia x hybrida | Yarrowia lipolytica | Sus scrofa | ||
| Pisum sativum | Xenopus laevis | |||
| Solanum tuberosum | Drosophila melanogaster | |||
| Zea mays | Spodoptera frugiperda |
常見問題
Q1：可以使用哪些方法來克隆 adapter-on 的基因片段(Gene Fragments)？
A1：您可以藉助以下方法，克隆帶有 adapter 的基因片段(Gene Fragments)：
Restriction digestion/Ligation —— 將限制酶切位置於 Twist adapter 內，以便克隆。
Type IIS or Golden Gate —— 將限制酶切位置於 Twist adapter 內部，以便於進行 TOPO 克隆（blunt-end），adapter 序列也將被克隆進去。
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Q2：是否會將 adapter 序列附加在我的序列兩端？
A2：對於 Adapter-on 的基因片段，我們會將通用 adapter 合成至每個片段的兩端。adapter 長度為 21-22 個核苷酸。具有這些 adapter 的片段與多種組裝方法兼容，即 Restriction digestion/Ligation、Gateway、Golden Gate 和 TOPO cloning。
通過在 adapter 內部添加限制酶切位可移除 adapter。 TOPO 克隆將發揮作用，但 adapter 會保持打開狀態。
Adapter Sequences
2021 年 8 月 9 日之前收到的訂單，adapter序列如下：
5' Adapter ：GAAGTGCCATTCCGCCTGACCT
3' Adapter ：AGGCTAGGTGGAGGCTCAGTG
5' - GAAGTGCCATTCCGCCTGACCT – 插入片段 – AGGCTAGGTGGAGGCTCAGTG - 3'
2021 年 8 月 9 日至2021 年 11 月 1 日收到的訂單，adapter 序列如下：
5' Adapter ：CCCCGTCACCTTTGGCTTATCAGT
3' Adapter ：AGTGACATCTGGACGCTAAGACCG
5' - CCCCGTCACCTTTGGCTTATCAGT – 插入片段 – AGTGACATCTGGACGCTAAGACCG - 3'
2021 年 11 月 2 日及之後收到的訂單，adapter 序列如下：
5' Adapter ：CAATCCGCCCTCACTACAACCG
3' Adapter ：CTACTCTGGCGTCGATGAGGGA
5' - CAATCCGCCCTCACTACAACCG – 插入片段 – CTACTCTGGCGTCGATGAGGGA - 3’
*Adapter 是添加到插入片段兩端的短序列，該添加步驟是我們合成過程的一部分。也可以選擇不含這些 adapter 的基因片段 ，亦即 Adapter-off。
Q3：基因片段是否經過純化?
A3：是，基因片段經過磁珠清潔；然而，可能殘留少量的短片段。
Q4：基因片段的有效期限是多久？
A4：
Twist Bioscience 合成的DNA 產品經乾燥處理，或重懸(resuspended) 於2 mL 微量離心管、96 孔盤或384 孔盤中運輸。乾燥的DNA 在室溫下運輸，而重懸的DNA 則在冷凍狀態下運輸。
雙股DNA 和單股寡核苷酸在大多數標準實驗室儲存條件下呈穩定狀態。但是，為了保持Twist Bioscience 合成DNA 的高品質，遵循以下最佳作業流程(best practices)十分重要。
- Twist 建議根據儲存條件，遵循以下乾燥的DNA保存期限。
- 室溫時，可儲存3 個月。
- 4°C 時，可儲存12 個月。
- -20°C 時，可儲存24 個月。
- -80°C 時，可長期儲存。
- 重懸指南
- 重懸時，在打開試管或孔盤之前進行短暫離心，並在pH 8.0 的無核酸酶Tris-EDTA (TE) 緩衝液或pH 8.0 的10 mM Tris-HCl 中重懸至所需濃度。
- 建議使用濃度至少為10 ng/μL 的stock dilution，但最佳濃度需要根據您所需的應用來進行調整。
- 製備分裝的 stock dilution 以及工作溶液，以降低污染的發生機率並減少凍融的次數。製備完成後應盡快使用工作溶液，並盡量減少暴露在高溫下。
- 重懸的DNA
- 重懸適用於某些產品。您的DNA 產品在運輸時可能會採用下列緩衝液之一。我們建議在打開之前，對試管或孔盤進行簡單的離心。
- Elution buffer（2 mM Tris-Cl，pH 8.5）
- TE Buffer（10 mM Tris-Cl pH 8.0，1 mM EDTA）
- TE Buffer low EDTA（10 mM Tris-Cl pH 8.0，0.1 mM EDTA）
- Water
- 我們不建議在水中長期儲存。
- 根據儲存條件的不同，Twist 建議重懸後DNA 的保存期限如下。
- 室溫時，可儲存3 個月。
- 4°C 時，可儲存12 個月。
- -20°C 時，可儲存24 個月。
- -80°C 時，可長期儲存。
- 重懸適用於某些產品。您的DNA 產品在運輸時可能會採用下列緩衝液之一。我們建議在打開之前，對試管或孔盤進行簡單的離心。
Q5：如何重懸我的基因？
A5：Twist 的DNA 產品經乾燥後，裝入96/384 孔盤或2 mL 微量離心管中。儘管雙股DNA 在大多數標準儲存條件下都呈穩定狀態，但我們建議您採用以下方法來保持DNA 的高品質：
- 收到產品後，將試管或孔盤短暫進行離心，並將DNA 在pH 8.0 的無核酸酶Tris-EDTA (TE) buffer 或pH 8.0 的10 mM Tris-HCl 中重懸至所需濃度。
- 我們不建議在水中重懸。
- 建議 stock solution 的濃度至少為10 ng/uL，但最佳濃度需要根據您所需的應用來進行調整。
- 製備原液和工作溶液並將兩者分裝，以防止發生污染並減少凍融的次數。
- 若要長期儲存，將DNA 置於-20°C 溫度下冰凍長達一年，或在-80°C 溫度下冰凍更長時間。
可以點擊此處查看重懸指南。
密碼子優化
Q1：Twist 的密碼子優化目前支持哪些生物體？
A1：以下是我們網站上支持密碼子優化的生物體列表：
- Arabidopsis thaliana
- Aspergillus niger
- Aspergillus oryzae
- Bacillus subtilis
- Brassica napus
- Caenorhabditis elegans
- Cricetulus griseus (CHO)
- Drosophila melanogaster
- Escherichia coli
- Glycine max
- Homo sapiens
- Hypocrea jecorina
- Medicago sativa
- Mus musculus
- Nicotiana tabacum
- Petunia x hybrida
- Pichia pastoris
- Pisum sativum
- Rattus norvegicus
- Saccharomyces cerevisiae
- Solanum tuberosum
- Spodoptera frugiperda
- Streptomyces coelicolor A3(2)
- Sus scrofa
- Toxoplasma gondii
- Xenopus laevis
- Yarrowia lipolytica
- Zea mays
如果您沒有看到您要找的特定生物體，請聯繫 specialist@abrealbiotech.com ，我們將竭誠為您服務。
Q2：如果我的基因被評為“不可能”，是否仍然可以進行合成？
A2：目前，我們無法合成評分為“不可能”的基因。導致我們的算法將基因評為“不可能”的因素有多種，而每個基因序列的具體參數是唯一的。我們的算法為專有算法，是利用機器學習開發的。除機器學習外，我們的算法還考慮了以下因素：
- GC 百分比在25%-65% 之間
- 最大同元聚合物(homopolymer) 長度<10
- 低同源性
以上因素的任意獨特組合會導致特定基因序列被評為“不可能”。
Q3：對於密碼子優化，可以採取哪些步驟來保持野生型(wild-type)蛋白質表達水平？
A3：
為了保持野生型蛋白質表達：
- 我們會避免使用稀有密碼子（密碼子頻率低於8%）。
- 我們會確保所得序列的前48 個鹼基對中的序列沒有牢固的髮夾結構(ΔG < -8)。
- 我們會對雙股都進行檢查，確保它們沒有包含您要求避免的酵素切位點。
- 我們會通過避免產生強sigma70 結合位點來防止將啟動子序列引入表達序列的內部。
- 我們會避免那些產生強核醣體結合位點(RBS) 的序列（GGAGG 和TAAGGAG）。
- 我們會避免那些產生終止子序列(terminator sequences) 的序列（TTTTT 或AAAAA）。
為了提高合成的成功率：
- 我們不會引入任何超過20 bp 的重複序列。
- 我們避免存在10 個或更多鹼基的同元聚合物。
- 我們避免那些產生小於25％ 或大於65％ 的整體GC％ 和小於35％ 或大於65％ 的局部GC windows (50 bp) 的擬合序列(fitted sequences)。
請注意，密碼子優化有助於提高成功合成的概率，而非蛋白質表達。
序列設計
Q1：是否有任何我需要遵循的基因序列限制/設計指南？
A1：重複結構和極端GC 含量是合成問題的主要影響因素。下列規則可指導您進行設計。但是，請注意，您可以通過限制重複序列和均衡GC 含量來提高成功的機率。
例如，如果您有一個總GC 含量為66% 的基因，您必須把它降低到至少65% 才能合成它，但如果進一步將其降低到60% 甚至以下，則該基因的合成成功率會更高。這同樣適用於消除重複序列、減少同元聚合物延伸以及消除GC windows 中的極端基因突變。您越能避免或減少基因中存在這種結構，就越有可能成功合成基因。
規則
- 避免重複序列≥ 20 bp 或Tm ≥ 60 ℃的情況，且整體GC 含量必須保持在25% 到65% 之間
- 避免基因內部GC 含量差異過大（即最高和最低50 bp 延伸片段之間的GC 含量差異應不大於52%）
- 盡量減少同元聚合物以及減少分散在整個序列中的小片段重複序列的數量/長度
- 對於HIS tag，需將CAC 和CAT 密碼子結合使用，即CACCAT
Q2：基因評分結果有什麼含義？
A2：在我們的網站上提交您的基因序列後，將自動對基因序列進行組裝可行性評分：
Standard：未發現錯誤。基因序列的總體複雜程度（如：長度、GC 含量、同源性等）為“standard”。
Complex：未發現錯誤。有一些序列複雜性（如：長度、GC 含量、同源性等）存在，但我們預計在合成您的基因時不會出現任何問題。在極少數情況下，序列可能會有周轉時間(turnaround time) 增加或製造失敗的風險。
Error：基因序列存在錯誤。請點擊序列，以獲取有關如何解決錯誤的更多詳情。
Not Accepted：該序列包含使我們無法合成的元素。請參閱錯誤消息提供的詳細解釋，或參考“設計指南”。
關於評分系統
我們的評分系統利用機器學習模型分析並結合多個序列參數（即總GC 百分比、最大同元聚合物長度、最大重複長度、序列長度、重複密度等）。該模型是使用我們的歷史製造數據進行訓練，它可以更精確地估計基因和抗體產品的生產成功率。
關於ISSUE 消息
Warnings：經機器學習模型預測，與失敗的風險相關。警告次數越多，越有可能導致評分為“Not Accepted”。
Errors：與基因複雜性無關，可以通過糾正基因設計來進行修復。
Q3：如何將胺基酸序列轉化為核酸序列？
A3：我們的網站接受胺基酸序列，並可將其轉化為DNA 序列之後進行合成。請在“上傳序列”頁面中選擇“胺基酸序列”選項。
請確保您輸入的僅包含胺基酸單字母字符。我們僅支持標準的20 個單字母代碼字符。
胺基酸序列末尾的“ * ”表示終止密碼子（我們不會自動添加終止密碼子）
我們將根據您選擇的密碼子使用頻率表，選擇最常用的密碼子。
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Q4：Twist 目前提供哪些長度的合成DNA？
A4：客戶可以選擇訂購寡核苷酸池(Oligo Pools)、基因片段(Gene Fragments) 和克隆基因(Clonal Genes)。
寡核苷酸池(Oligo Pools) 中的寡核苷酸（線性單股 DNA）的合成長度範圍在 20 bp 到 300 bp。
基因片段(Gene Fragments) 是線性雙股 DNA，長度範圍在 300 bp 到 1,800 bp 之間。
克隆基因(Clonal Genes) 為雙股DNA，已經被克隆到Twist 的載體或客戶提供的載體中。克隆基因大小在300 bp 至 5,000 bp 之間。